Anteriormente ao procedimento é realizado um preparo que limpa o intestino para adequada visibilização. O paciente é monitorizado (dados vitais são mensurados anteriormente à realização do procedimento e durante todo o exame), posteriormente a sedação endovenosa é iniciada pelo Médico Anestesiologista. Uma vez sedado, é iniciado o procedimento pela introdução no ânus de um aparelho flexível com uma microcâmera localizada em sua extremidade. A microcâmera transmite imagens para um monitor e cabe ao médico endoscopista a interpretação e tratamento das condições encontradas.

Pólipos são identificados e removidos, biópsias são obtidas de lesões suspeitas. Ao final do procedimento o paciente desperta, é transferido à sala de recuperação pós anestésica, onde aguarda por mais alguns minutos até completa recuperação, sendo posteriormente liberado pelos médicos endoscopista e anestesiologista.