O preparo envolve jejum de 8h para sólidos e de 2h para líquidos claros (como água e isotônicos). A sedação endovenosa é realizada para maior conforto do paciente, após monitorização dos dados vitais. O aparelho é então introduzido pela boca em direção ao esôfago, estômago e duodeno.

Condições comuns como esofagites, gastrites e úlceras são frequentemente diagnosticadas. Biópsias são obtidas, por exemplo, para pesquisar a presença do Helicobacter pylori, bactéria que muito frequentemente coloniza o estômago.

Procedimentos terapêuticos como dilatações, ligadura de varizes de esôfago, posicionamento de balão intragástrico para tratamento de obesidade, remoção de corpos estranhos e gastrostomia endoscópica percutânea também podem ser realizados.